Вторым этапом реализации долгосрочной концепции реконструкции комплекса Аглонской базилики станет реконструкции монастыря. Согласно требований законодательства ЛР проект разрабатывается в 2 этапа - эскизное и техническое проектирование.

В ходе эскизного проектирования были разработаны принципиальные объемно-планировочные решения, сформирован функциональный набор помещений, принимая во внимание историческую специфику и учитывая задачи перспективного развития комплекса.

Разработка эскизного проекта завершена в апреле 2007 года. В данный момент идет разработка технического проекта

В здании монастыря предполагается разместить следующие группы помещений:
— помещения для приема и размещения гостей и паломников;
— помещения для приготовления пищи, столовая;
— помещения для библиотеки, архива, музея, кинозала и конференц-зала;
— административный блок;
— технические помещения (венткамера, тепловой узел, электрощитовые).

Разработанный набор помещений требует внести существенные изменения в планировки: согласно современных требований по пожарной безопасности необходимо предусмотреть эвакуационные выходы, определенную ширину лестниц, коридоров и т.д.

Предусмотрена замена всех существующих систем вентиляции, водоснабжения, канализации и отопления. Как один из вариантов рассматривается применение технологий геотермального отопления.

Началу проектных работ предшествовало техническое обследование конструкций, подробная фотофиксация, подготовка обмерочных чертежей. В ходе обследований определились моменты, требующие специальных предварительных исследований и особых технических решений: например, решения гидроизоляции стен старых фундаментов для предотвращения подъема капиллярных вод.