Kā otrais etaps Aglonas Bazilikas kompleksa rekonstrukcijas ilglaicīgās koncepcijas realizācijā kļūs klostera rekonstrukcija. Saskaņā ar Latvijas Republikas likumdošanu projekts tiek izstrādāts divos etapos – skiču un tehniskā projektēšana.

Skiču projektēšanas gaitā tika izstrādāti principiālie apjomu – plānošanas risinājumi, noformēts telpu funkcionālais komplekts, ievērojot vēsturisko specifiku un kompleksa perspektīvās attīstības uzdevumus.

Skiču projekta izstrāde tika pabeigta 2007.gada aprīlī. Tehniskā projekta izstrāde pabeigta 2008.gadā.

Klostera ēkā plānots izvietot sekojošas telpu grupas:
— telpas viesu un svētceļnieku uzņemšanai un izmitināšanai;
— telpas ēdiena gatavošanai, ēdnīca;
— telpas bibliotēkai, arhīvam, muzejam, kinozālei un konferenču zālei;
— administratīvais bloks;
— tehniskās telpas (ventilācijas kamera, siltummezgls, elektrosadales telpas);

Izstrādātais telpu komplekts pieprasa veikt būtiskas izmaiņas plānojumā: atbilstoši mūsdienu ugunsdrošības prasībām, ir jāparedz evakuācijas izejas, noteikts kāpņu un koridoru platums u.tml.

Paredzēta visu esošo ventilācijas, ūdensapgādes, kanalizācijas un apkures sistēmu nomaiņa. Kā viens no variantiem tiek izskatīta ģeotermālā apkure (siltumsūkņi).

Pirms projektēšanas darbiem kompānijas speciālisti veica konstrukciju tehnisko apsekošanu, precīzu fotofiksāciju, uzmērījuma rasējumu sagatavošanu. Apsekošanas gaitā noskaidrojās atsevišķas jomas, kurām nepieciešama sākotnēja, speciāla izpēte un īpaši tehniskie risinājumi: piemēram, veco pamatu sienu hidroizolācija, lai novērstu kapilāro ūdeņu pacelšanos.